Σύμφωνα με τα όσα είπε στην εκπομπή "έχουμε και λέμε" του Σαντορίνη TV με θέμα την ιστορία του ναού αλλά και την δική της συμβολή στην ανάδειξη της σημαντικότητάς του,
"Από τα πρώτα χρόνια των Σταυροφοριών η εκκλησία λειτουργούσε ως ορθόδοξη και οι χωρικοί της περιοχής την ονόμαζαν κυρά – Επισκοπή για να την ξεχωρίσουν από τις άλλες εκκλησίες αλλά και γιατί την θεωρούσαν ως την σημαντικότερη εκκλησία της Σαντορίνης. Για την κατασκευή του ναού άλλωστε σύμφωνα με γραπτές μαρτυρίες, είχε δώσει την εγγύησή του καθώς και χρήματα ο αυτοκράτορας.
Όταν το 1207 την περίοδο των Σταυροφοριών οι καθολικοί έφτασαν στην εκκλησία θέλησαν να πάρουν κι εκείνοι μέρος από την εξουσία της μιας και η περιουσία της ήταν μεγάλη και τα κτήματα που της ανήκαν ,έκτασης 1400 ζευγαριών, εκτείνονταν από την παραλία του Καμαρίου μέχρι τον Άγιο Χαράλαμπο. Οι καθολικοί κατόρθωσαν να πάρουν την περιουσία της εκκλησίας με το σκεπτικό ότι εφ όσον κατελήφθη ολόκληρο το νησί, τους ανήκε και η περιουσία της εκκλησίας, η οποία της είχε δοθεί από τον Αυτοκράτορα. Έτσι, οι ορθόδοξοι εγκατέλειψαν την εκκλησία μέχρι το 1536 οπότε και οι Τούρκοι κατέλαβαν το νησί δίνοντας την ευκαιρία στους ορθόδοξους να θελήσουν να την ξαναλειτουργήσουν ως χριστιανική, εφ όσον οι Λατίνοι δεν είχαν πλέον χώρο στο νησί.
Οι Λατίνοι όμως δεν είχαν την πρόθεση να εγκαταλείψουν την εκκλησία και την περιουσία της πόσο μάλλον από την στιγμή που την διαχειρίζονταν αποκλειστικά για 3 αιώνες, οπότε και ξεκίνησε η περίφημη "διαμάχη μεταξύ των καθολικών και των ορθοδόξων" για το ποιος πραγματικά θα κυριαρχήσει στην εκκλησία.
Τον πρώτο αιώνα που ακολούθησε υπήρξε συμμαχία μεταξύ των 2 πλευρών μιας και συμφώνησαν να συλλειτουργούν. Σύμφωνα με το διάταγμα του 1615 προβλεπόταν η Κυριακάτικη λειτουργία να γίνεται πρώτα από τους καθολικούς και ύστερα από τους ορθόδοξους, ενώ η λειτουργία για την γιορτή του 15Αυγουστου γινόταν πρώτα από τους ορθόδοξους και μετά από τους καθολικούς.
Τον 17ο αιώνα όμως ένας ιερέας των καθολικών εξέφρασε την άποψη ότι είναι απαράδεκτο να γίνονται στον ίδιο χώρο οι λατρευτικές εκδηλώσεις των ορθόδοξων και των καθολικών και προκειμένου να μην διαταραχθούν περαιτέρω οι τεταμένες ισορροπίες της εποχής, αποφασίστηκε οι καθολικοί να φτιάξουν μια δικιά τους Αγία τράπεζα η οποία όμως βρισκόταν κι αυτή στον χώρο του ναού, σε μια εσοχή της δεξιάς πλευράς.
Το καθεστώς αυτό διατηρήθηκε μέχρι τα τέλη του 18ου αιώνα οπότε και αποφασίστηκε να χωριστεί η περιουσία της διότι οι διαμάχες και οι διενέξεις ήταν πολλές κι όχι μόνο σε τοπικό επίπεδο αλλά σε εθνικό μιας και ο Πάπας και ο Αρχιεπίσκοπος διαφωνούσαν ως προς εάν έπρεπε καθολικοί και ορθόδοξοι να συλλειτουργούν κάτω από την ίδια σκέπη."
Χαρακτηριστικό όμως είναι όπως μας είπε η κ. Καραμολέγκου ότι ακόμη και στις αρχές του 20ού αιώνα, οι παλιοί Σαντορινιοί θυμούνται, καθολικούς να επισκέπτονται την εκκλησία για προσκύνημα.
Με τον διαχωρισμό της περιουσίας οι ορθόδοξοι και καθολικοί πήραν από 800 στρέμματα.
Οι καθολικοί διατήρησαν και συνεχίζουν να διατηρούν την περιουσία τους ενώ οι ορθόδοξοι την μοίρασαν στις αρχές του 20ου αιώνα σε ακτήμονες της περιοχής οπότε η ακίνητη περιουσία της εκκλησία σήμερα είναι μηδαμινή.
Το 1956 με τον σεισμό ένα μεγάλο μέρος του ναού καταστράφηκε και επισκευάστηκε στην συνέχεια, ενώ η πλέον δυσάρεστη σελίδα στην ιστορία του ναού γράφτηκε στις 2 Ιουνίου του 1982 οπότε και κλάπηκαν 26 εικόνες πολύ μεγάλης αξίας για τις οποίες δεν έχει υπάρξει καμμιά πληροφορία σχετικά μετον τόπο στον οποίο βρίσκονται.
