Η εκκλησία κτίστηκε την εποχή του αυτοκράτορα Αλεξίου του Α’, τα δε υλικά και οι μαρμαρένιες κολώνες μεταφέρθηκαν από τα Μέσα Βουνά και από χαλάσματα κατεστραμμένων ναών της Σαντορίνης. Οι τοίχοι ζωγραφίστηκαν με αγιογραφίες βυζαντινής τέχνης με δαπάνη του Αυτοκράτορα. Το τέμπλο του ναού είναι μαρμαρένιο επίσης με διάφορες παραστάσεις και ανάγλυφα, δουλεμένα από χέρι μεγάλου καλλιτέχνη. Για το τέμπλο υπάρχει η παράδοσις ότι την εποχή που κτιζότανε η εκκλησία περνούσε ένα καΐκι από το γιαλό και ξαφνικά σταμάτησε κοντά στο Καμάρι χωρίς αιτία. Ο πρίμος αγέρας φούσκωνε τα πανιά του, μα το καΐκι έμενε σαν μαρμαρωμένο στη θέση του πάνω στο γαλάζιο νερό.
Ο καπετάνιος βγήκε στη στεριά και πήρε το ρυμίδι για το χωριό, αλλά σε μια στιγμή κοντοστάθηκε, κοίταξε γύρω την περιοχή και το μάτι του έπεσε στη λαγκαδιά. Την ίδια στιγμή ένας χωρικός ξεπρόβαλε από τη στροφή του δρόμου και είδε τον ξένο να κοιτάζει σκεπτικός προς το μέρος της λαγκαδιάς, μα πριν προφθάσει να τον χαιρετήσει, ο καπετάνιος του είπε δείχνοντας με το χέρι του προς το σημείο που κοίταζε:
- Εκείνοι οι μάστοροι κοντά στη ράχη του βουνού κτίζουν σπίτι ή καμιά καινούρια εκκλησιά;
- Εκκλησιά κτίζουν, στην χάρη της Παναγιάς.
Ο καπετάνιος ευχαρίστησε τον χωρικό για την πληροφορία και γύρισε αμίλητος στο καΐκι του.
- Ξεφορτώστε τα μάρμαρα! Η Παναγιά δεν θέλει να τα πάμε στην Κρήτη, πρέπει να τα πάμε αμέσως στην εκκλησιά που κτίζουνε εδώ πάνω στο νησί.
Έτσι μεταφέρθησαν τα μάρμαρα στην Επισκοπή, όπως λέει η παράδοσις και το καΐκι ξεκίνησε αμέσως για τον προορισμό του.
Άλλο θαύμα της Παναγίας της Επισκοπής είναι και τούτο: Όταν το 1537 οι Τούρκοι κατέλαβον τη Σαντορίνη, μερικοί από αυτούς πήγανε να ιδούν την όμορφη εκκλησιά και κάθισαν να φάνε γύρω από το πέτρινο τραπέζι που σώζεται μέχρι και σήμερα στη μεγάλη αυλή της πλάι σε μαρμάρινη γούρνα. Ενώ έτρωγαν οι Τούρκοι, μια όμορφη κοπέλα από την Έξω Γωνιά, μπήκε στην αυλή, μα σαν είδε τους Τούρκους τα έχασε και σαστισμένη έτρεξε μπαίνοντας από την πλαϊνή πόρτα μέσα στην εκκλησία. Εκεί ζήτησε καταφύγιον σκεπάζοντας το σώμα της πίσω από την ποδιά της εικόνας κι έμεινε ακίνητη γονατιστή παρακαλώντας την Παναγιά να την γλιτώσει και να δωρίσει όλη την περιουσία της στο μοναστήρι. Οι Τούρκοι έτρεξαν εν τω μεταξύ να την βρουν, μπήκαν στην εκκλησιά, έψαξαν παντού, αλλά την όμορφη Γωνιάτισσα δεν την βρήκαν πουθενά. Πήγανε κοντά στην εικόνα που σώζεται ακόμη μέχρι σήμερα και είναι η πιο αρχαία της Σαντορίνης, κι ενώ η κοπέλα ήταν κοντά τους πίσω από την ποδιά με τον χρυσοκέντητο σταυρό, οι Τούρκοι δεν την έβλεπαν. Έτσι απογοητευμένοι έφυγαν και η χωρικοί της Έξω Γωνιάς με υγρά τα μάτια από την αγωνία και το φόβο, αλλά πιο πολύ από τη μεγάλη της πίστη προς την Παναγία που την έσωσε, βγήκε από το ιερό κρυσφήγετό της και πήγε στο χωριό. Αμέσως έταξε ένα χωράφι δέκα ζευγαριές και να ζωγραφίσει μια εικόνα της Παναγιάς όμοια με εκείνη που γονατιστή μπροστά της την έσωσε από τους αλλόθρησκους.
Αν καμιά φορά πάτε στην Επισκοπή, θα δείτε την εικόνα που ζωγράφισε η πιστή Γωνιάτισσα, είναι ακριβώς μόλις μπείτε, δεξιά από την πλάγια πόρτα της εκκλησιάς.
Ευχαριστώ την Κατερίνα!!
