Ρυθμίσεις για τα εκκλησιαστικά κτίρια περιέχονται στο άρθρο 16 (κτίρια δημοσίου ενδιαφέροντος), όπου προβλέπεται ότι :
α) τα κτίρια που στεγάζουν υπηρεσίες των νομικών προσώπων δημοσίου δικαίου, καθώς και
β) κτίρια που χρησιμοποιούνται ως θρησκευτικοί ή λατρευτικοί χώροι αναγνωρισμένων θρησκειών και δογμάτων και επιπλέον ειδικώς γ) οι Ναοί των Ησυχαστηρίων και Μονών της Εκκλησίας της Ελλάδος μπορούν χωρίς να καταβάλουν ειδικό πρόστιμο και παράβολο να εξαιρεθούν οριστικά από την κατεδάφιση , εάν είχαν ανεγερθεί πριν την 1.1.1983, και προσωρινά -για τριάντα χρόνια- εάν είχαν ανεγερθεί αργότερα.
Με το άρθρο 53 συστήνεται πλέον, αντί της παλαιάς «Ναοδομίας», μία νέα πολεοδομική υπηρεσία (Υπηρεσία Δόμησης, Υ.ΔΟΜ.) αντίστοιχη με τις «Υπηρεσίες Δόμησης» (ΥΔΟΜ) των Δήμων, στην Εκκλησία της Ελλάδος με αρμοδιότητα για όλες τις Μητροπόλεις, Μονές και Ενορίες της Εκκλησίας της Ελλάδος.
Η υπηρεσία πλέον δεν θα ονομάζεται «Ναοδομία», αλλά Υπηρεσία Δόμησης και θα εποπτεύεται απευθείας από τον Υπουργό Περιβάλλοντος, Ενέργειας και Κλιματικής Αλλαγής και θα έχει ανάλογες και λιγότερες αρμοδιότητες από τις υπόλοιπες ΥΔΟΜ των Δήμων της χώρας.
Πιο συγκεκριμένα με το σημερινό καθεστώς του νόμου Σηφουνάκη (ν. 4030/2011) οι Υ.ΔΟΜ. των Δήμων εκδίδουν πρώτα την «έγκριση δόμησης» (την έγκριση ότι το οικόπεδο είναι άρτιο και οικοδομήσιμο, και εγκρίνουν και το τοπογραφικό διάγραμμα και το διάγραμμα κάλυψης, που περιέχει και τους όρους δόμησης) και μετά από τυπικό έλεγχο των μελετών (απλώς ότι έχουν προσκομισθεί όλες) την «άδεια δόμησης», ώστε να ξεκινήσουν οι εργασίες. Για ειδικά κτίρια, απαιτείται πριν την έγκριση δόμησης να εγκριθεί η αρχιτεκτονική μελέτη από το τοπικό Συμβούλιο Αρχιτεκτονικής της οικείας Περιφέρειας.
Με το νέο σχέδιο νόμου :
1) ιδρύεται Κεντρικό Συμβούλιο Εκκλησιαστικής Αρχιτεκτονικής (ΚΕΣΕΑ) στην Εκκλησία της Ελλάδος και με συμμετοχή στελεχών του Υ.ΠΕ.Κ.Α. και του Τ.Ε.Ε. και Καθηγητών Πολυτεχνικών Σχολών, μηχανικών, αρχιτεκτόνων, καλλιτεχνών με ειδικές γνώσεις. Το Συμβούλιο αυτό, πριν εκδοθεί η έγκριση δόμησης, θα ελέγχει τις αρχιτεκτονικές μελέτες για όλες τις Μητροπόλεις, Μονές και Ενορίες της Εκκλησίας της Ελλάδος αντί για τα τοπικά Συμβούλια Αρχιτεκτονικής.
2) ορίζεται ότι την έγκριση δόμησης για Μητροπολιτικά κτίρια, Μονές και Ενορίες θα εκδίδει η Διεύθυνση Οικοδομικού και Κτιριοδομικού Κανονισμού (Δ.Ο.Κ.Κ.) του Υ.ΠΕ.Κ.Α. και για τους ιδιωτικούς Ναούς η κατά τόπον αρμόδια Υ.ΔΟΜ. του Δήμου.
3) συστήνεται Υπηρεσία Δόμησης στην Εκκλησία της Ελλάδος, η οποία δεν θα εκδίδει την έγκριση δόμησης, παρά μόνον την άδεια δόμησης. Επιπλέον θεσπίζεται και η άδεια καθιέρωσης ή χρήσης, η οποία θα εκδίδεται από την ίδια Υ.ΔΟΜ. ως προϋπόθεση για να ξεκινήσουν οι εργασίες κατασκευής.
4) η Υπηρεσία Δόμησης της Εκκλησίας της Ελλάδος δεν θα έχει καμία αρμοδιότητα για την αδειοδότηση των ιδιωτικών Ναών (φυσικών προσώπων, σωματείων κλπ), για τους οποίους αρμοδιότητα έχουν οι Υ.ΔΟΜ. των κατά τόπους Δήμων.
5) καταργείται πλέον η δυνατότητα ανέγερσης βοηθητικών κτισμάτων (τα λεγόμενα «πανηγυρόσπιτα») δίπλα σε ιδιωτικούς Ναούς. Τίθεται έτσι τέρμα στο φαινόμενο της αυθαίρετης δόμησης κατοικιών δίπλα σε ιδιωτικά ναϋδρια με οικοδομικές άδειες, που είχαν εκδοθεί για «πανηγυρόσπιτα».
6) η Υπηρεσία Δόμησης της Εκκλησίας δεν έχει αρμοδιότητα να ασκεί έλεγχο για τυχόν αυθαιρεσίες εκκλησιαστικών κτιρίων. Ο έλεγχος ανήκει στους Ελεγκτές Δόμησης, όπως για όλες τις κατασκευές, κατά τον νόμο 4030/2011.
7) τέλος, προβλέπεται ρητά ότι για κάθε Μονή ή Ναός, ακόμα και ιδιωτικός, εφόσον ακολουθεί το δόγμα της Ανατολικής Ορθόδοξης Εκκλησίας του Χριστού πρέπει να υπάρχει η έγγραφη σύμφωνη γνώμη του επιχώριου Μητροπολίτη, πριν υποβληθεί η αίτηση στην αρμόδια υπηρεσία για την έκδοση της πρώτης πράξης, της έγκρισης δόμησης.
8) η μισθοδοσία του προσωπικού της Υ.ΔΟΜ. της Εκκλησίας της Ελλάδος θα βαρύνει την Εκκλησία της Ελλάδος και όχι τον κρατικό προϋπολογισμό.
9) οι άδειες δόμησης που θα εκδίδει η ΥΔΟΜ θα αποστέλλονται αυθημερόν στην Δ.Ο.Κ.Κ. του ΥΠΕΚΑ, ενώ με υπουργική απόφαση θα ρυθμισθεί ο τρόπος ηλεκτρονικής διασύνδεσης της Υ.ΔΟΜ. της Εκκλησίας της Ελλάδος με το σύστημα ηλεκτρονικής ταυτότητας κτιρίων του Τ.Ε.Ε. (όπου αρχειοθετούνται ψηφιακά τα στοιχεία των φακέλων όλων των κατασκευών)
10) προβλέπεται ρητά ότι τα εκκλησιαστικά κτίρια είναι ειδικά δημόσια κτίρια και ως τέτοια δικαιούνται κατά παρέκκλιση όρους δόμησης με υπουργική απόφαση. Αντίστοιχη δυνατότητα θεσπίζει το ίδιο σχέδιο νόμου και για τα μουσουλμανικά τεμένη της Θράκης (ως προς το ύψος των μιναρέδων).
11) επεκτείνεται και στις Μητροπόλεις, Μονές και Ενορίες της Εκκλησίας της Ελλάδος, η ρύθμιση που ισχύει εδώ και ένα χρόνο (στον νέο ΓΟΚ, ν. 4067/2012 άρρθο 24 παρ. 2) για μουσουλμανικά βακούφια της Θράκης, ότι δηλαδή μπορούν να λάβουν άδεια δόμησης αν δεν έχουν τίτλο ιδιοκτησίας για τα ακίνητά τους, εφόσον υποβάλουν τοπογραφικό διάγραμμα, συμβολαιογραφική πράξη περιγραφής του ακινήτου, και το ακίνητό τους δεν διεκδικείται από το Δημόσιο ή ΟΤΑ.
